Засновником Ліцею №16 Івано-Франківської міської ради є Івано-Франківська ОТГ. Власник здійснює фінансування закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування та харчування учнів.

Директор Ліцею №16 Івано-Франківської міської ради — Івануляк Микола Миколайович.

Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначаються законом та установчими документами закладу освіти.

Постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти — педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради — постійно діючого колегіального органу управління закладом.

У ліцеї активно діє учнівське самоврядування, що забезпечує розвиток лідерського потенціалу учнів, захист їхніх прав, а також залучення молоді до організації освітнього та культурного життя закладу.

Це законне право учасників освітнього процесу як безпосередньо, так і через органи громадського самоврядування колективно вирішувати питання організації та забезпечення освітнього процесу в закладі освіти, захисту їхніх прав та інтересів, організації дозвілля та оздоровлення, брати участь у громадському нагляді (контролі) та в управлінні закладом освіти у межах повноважень, визначених законом та установчими документами закладу освіти.

Вищим колегіальним органом громадського самоврядування закладу освіти є загальні збори (конференція) колективу закладу освіти.