Система управління Ліцею №16 Івано-Франківської міської ради відповідає ст.24 Закону України «Про освіту» № 2145-VІІІ від 05.09.2017 та Статуту ліцею.
Управління Ліцеєм №16 Івано-Франківської міської ради в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1. Засновник – засновником Ліцею №16 Івано-Франківської міської ради є Івано-Франківська ОТГ. Власник здійснює фінансування закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів.
2. Керівник закладу освіти – директор Ліцею №16 Івано-Франківської міської ради – Івануляк Микола Миколайович. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначаються законом та установчими документами закладу освіти.
3. Постійно діючий дорадчий колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради – постійно діючого колегіального органу управління закладом.
4. Органи самоврядування здобувачів освіти – учнівське самоврядування.
5. Громадське самоврядування в закладі освіти – це право учасників освітнього процесу як безпосередньо, так і через органи громадського самоврядування колективно вирішувати питання організації та забезпечення освітнього процесу в закладі освіти, захисту їхніх прав та інтересів, організації дозвілля та оздоровлення, брати участь у громадському нагляді (контролі) та в управлінні закладом освіти у межах повноважень, визначених законом та установчими документами закладу освіти. Вищим колегіальним органом громадського самоврядування закладу освіти є загальні збори (конференція) колективу закладу освіти.